Pokémon Picross – это головоломка, сочетающая в себе элементы пикросса (nonogram) и вселенной покемонов. Игроку предстоит решать логические головоломки, закрашивая или отмечая пустые клетки на поле, чтобы раскрыть спрятанные изображения покемонов. Ключевой механикой является использование способностей покемонов, которых можно получить, решая головоломки. Эти способности помогают в решении сложных задач, например, автоматически отмечают определенные ряды или столбцы. Помимо обычных пикроссов, в игре присутствуют мега-пикроссы, требующие еще большей внимательности и логики. Прохождение уровней открывает доступ к новым областям и более сложным головоломкам, а также позволяет собрать коллекцию покемонов.